技術(shù)文章
Technical articles近年來隨著生物技術(shù)的不斷發(fā)展,出現(xiàn)了許多克隆新基因的方法和手段,如圖譜克隆技術(shù)、轉(zhuǎn)座子標簽技術(shù)、mRNA差異顯示技術(shù)二基因組減法技術(shù)以及cDNA文庫篩選技術(shù)等。但上述方法人多具有實驗周期長、技術(shù)步驟煩瑣且工作量大等特點。cDNA末端快速擴增技術(shù)(rapid amplification of cDNA ends,RACE)是一種基于PCR從低豐度的轉(zhuǎn)錄本中快速擴增cDNA的5'和3'末端的有效方法,以其簡單、快速、廉價等優(yōu)勢而受到越來越多的重視.
經(jīng)典的RACE技術(shù)是由Frohman等(1988)發(fā)明的一項技術(shù),主要通過RT-PCR技術(shù)由已知部分cDNA序列來得到完整的cDNA5'和3'端,包括單邊PCR和錨定PCR。該技術(shù)提出以來經(jīng)過不斷發(fā)展和完善,克服了早期技術(shù)步驟多、時間長、特異性差的缺點(Frohman等,1995:Schaefer,l995: Chen,1998: Bespalova等,1998: Matz等11999)。對傳統(tǒng)RACE技術(shù)的改進主要是引物設(shè)計及RT-PCR技術(shù)的改進:改進之一是利用鎖定引物((lock docking primer)合成*鏈cDNA,即在oligo(dT)引物的3' 端引入兩個簡并的核苷酸【5'-Oligo(dT)16-30MN-3',M=A/G/C;N=A/G/C/T】,使引物定位在poly(A)尾的起始點,從而消除了在合成*條cDNA鏈時oligo(dT)與poly(A)尾的部位的結(jié)合所帶來的影響;改進之二是在5' 端加尾時,采用poly(C),而不是poly(A);改進之三是采用RNase H-莫洛尼氏鼠白血。病毒(MMLV)反轉(zhuǎn)錄酶或選擇嗜熱DNA聚合酶可能在高溫(60℃ -70℃)有效地逆轉(zhuǎn)錄mRNA,從而消除了5'端由于高CC含量導致的mRNA 二級結(jié)構(gòu)對逆轉(zhuǎn)錄的影響;改進之四是采用熱啟動PCR (hot start PCR)技術(shù)和降落PCR(touch down PCR)提高PCR反應的特異性。
隨著RACE技術(shù)日益完善,目前己有商業(yè)化RACE技術(shù)產(chǎn)品推出,如CLONTECH的MarathoTM技術(shù)和SMARTTMRACE技術(shù)。邢桂春等(2001)先后使用上述兩種試劑盒進行RACE反應,結(jié)果發(fā)現(xiàn)使用MarathonTM所得到的片斷總是比采用SMARTTM RACE試劑盒到所得到的片斷短。其原因在于MarathonTM技術(shù)反轉(zhuǎn)錄反應往往不能真正達到mRNA的5' 末端。所以認為,進行RACE反應應當優(yōu)選SMARTTM RACE試劑盒。以下就國內(nèi)目前應用廣的SMARTTM RACE試劑盒為例,簡要概述RACE技術(shù)的原理和操作過程。
SMARTTM 3'-RACE的原理
利用mRNA的3'末端的poly(A)尾巴作為一個引物結(jié)合位點,以連有SMART寡核營酸序列通用接頭引物的Oligo(dT)30MN作為鎖定引物反轉(zhuǎn)錄合成標準*鏈cDNA.然后用一個基因特異引物GSP1(gene specific primer,GSP)作為上游引物,用一個含有部分接頭序列的通用引物UPM(universal primer,UPM)作為下游引物,以cDNA*鏈為模板,進行PCR循環(huán),把目的基因3' 末端的DNA片段擴增出來。(見Figure 1)
Figure 1.
SMARTTM 5'-RACE的原理
先利用mRNA的3'末端的poly(A)尾巴作為一個引物結(jié)合位點,以O(shè)ligo(dT)30MN作為鎖定引物在反轉(zhuǎn)錄酶MMLV作用下,反轉(zhuǎn)錄合成標準*鏈cDNA.利用該反轉(zhuǎn)錄酶具有的末端轉(zhuǎn)移酶活性,在反轉(zhuǎn)錄達到*鏈的5'末端時自動加上3-5個(dC)殘基,退火后(dC)殘基與含有SMART寡核苷酸序列Oliogo(dG)通用接頭引物配對后,轉(zhuǎn)換為以SMART序列為模板繼續(xù)延伸而連上通用接頭(見Figure 2 )。然后用一個含有部分接頭序列的通用引物UPM(universal primer,UPM)作為上游引物,用一個基因特異引物2(GSP 2 genespecific primer,GSP)作為下游引物,以SMART*鏈cDNA為模板,進行PCR循環(huán),把目的基因5'末端的cDNA片段擴增出來。終,從2個有相互重疊序列的3'/ 5'-RACE產(chǎn)物中獲得全長cDNA,或者通過分析RACE產(chǎn)物的3'和5'端序列,合成相應引物擴增出全長cDNA。
Figure 2.
實驗中發(fā)現(xiàn),做RACE反應實驗實際操作中仍存在不少困難。因此,對RACE反應條件進行反復摸索是十分的。這是因為:
*,在5'-RACE包含了有3個連續(xù)的酶反應步驟(反轉(zhuǎn)錄、同聚物加尾和PCR擴增),每一步都可能導致失??;
第二,擴增DNA末端的特異性依賴錨定引物及擴增DNA模板樣品的不均一性,因而特異性一般很低,常呈現(xiàn)不清晰的成片條帶或截短的產(chǎn)物背景。因此,使用RACE技術(shù)擴增得到的特異末端片段,所獲得的重組克隆好能夠全部測序,以排除RACE實驗結(jié)果中擴增產(chǎn)物假陽性和假陰性,終有可能獲得新基因的全序列。
隨著RACE的不斷改進和完善,優(yōu)化條件下PCR擴增效率和忠實性的提高及PCR產(chǎn)物克隆技術(shù)的迅速發(fā)展,RACE必將在基因克隆及基因表達研究中發(fā)揮越來越大的作用。
RACE的另一種代表方法-Self-Ligation法
1. 反轉(zhuǎn)錄(RT)反應。
2. Hybrid RNA的分解。
3. 單鏈cDNA的自身連接。
4. PCR擴增5'未知區(qū)域。
5. 目的DNA片段的切膠回收。
6. DNA序列測定。
原理見Figure 3。
Figure 3.